Koncem 19. století začala kapacitně nedostačovat farní škola U svatého Havla, radní pražské obce se rozhodli situaci řešit velmi radikálně. Aby byla zajištěna vzdělanost dětí Starého Města Pražského, obec vykoupila čtyři domy na Uhelném trhu a na jejich místě v letech 1889 až 1900 vyrostla novorenesanční budova Základní školy. Vyučovat se zde začalo ve školním roce 1900 / 1901.

Roku 1964 byla Základní škola na Uhelném trhu přičleněna k Výzkumnému ústavu pedagogickému a v roce 1978 zde byla, jako první v republice, založena třída s rozšířenou výukou matematiky a přírodovědných předmětů. Třída se zaměřením na matematiku a informatiku zde vznikla již v roce 1988, kdy byla jediná v ČSSR. Ostatně v nových trendech výuky si škola drží přední pozice dodnes.

V díle Romance o nenápadné paní se před školou odehrává scéna s nápisem, že máma Evy Vondrové je zloděj, jak lze vidět na fotkách, ta zeď tam byla vytvořena a zakryla skutečnou zeď s oknem. Zajímavá je také situace, kdy Lída mluví s Vondrou, který v tu chvíli neparkuje nikde jinde než před starožitnictvím ORFEUS z dílu Růže pro Zemana.